En el Centro Universitario de los Lagos existen dos tipos de Laboratorio fundamentalmente: de Investigación y de Docencia.
Los Laboratorios de Investigación han sido equipados por los investigadores con recursos provenientes de la misma institución y de Proyectos de Investigación con organismos tales como CONACyT, COECyTJAL, etc. La función de los mismos es apoyar el trabajo de investigación de los Investigadores y alumnos del Posgrado, así como la realización de Tesis de Licenciatura. La función de los Laboratorios de Docencia es la de apoyar las prácticas de Licenciatura, si bien en ocasiones son utilizados por alumnos de posgrado para la realización de prácticas básicas.