La contaminación de suelos, sedimentos, aire y acuíferos, en particular por hidrocarburos, plaguicidas y metales entre otros, representa un alto porcentaje de las emergencias ambientales, que afectan el ambiente. Un ejemplo en México, fue en el año 2001, en que se registraron 240 suelos contaminados con hidrocarburos, debido principalmente a tomas clandestinas y daños de las tuberías ocasionados por la falta de mantenimiento. De los sitios afectados, 200 han sido evaluados y 92 han sido saneados, lo que representa un avance del 38.3%. Por ello es importante implementar métodos, para la eliminación de los contaminantes del ambiente. Los métodos biológicos (biorremediación) que emplean bacterias, hongos y plantas, han cobrado gran interés en el Área Ambiental, debido a las diversas ventajas que presentan, entre ellas; que es un método amigable al ambiente, además que resulta económico en países como el nuestro, en donde se encuentra con una gran diversidad. Las experiencias de la aplicación de la Biorremediación en otros países, si bien han proporcionado bases sólidas para la investigación en este campo, tienen características ambientales muy diferentes a las de México, por ello es importante considerar el desarrollo de métodos propios y acorde con nuestra problemática y aprovechar los recursos naturales que son desaprovechados, como son los residuos agrícolas y la gran diversidad de microorganismos con potencial de degradación de los compuestos tóxicos. Además para cada situación se tiene que considerar las características físicas, químicas y biológicas específicas del sitio, con el fin de definir la aplicación más conveniente de los procesos (In situ, Ex situ y On site). El esfuerzo de mantener un suelo limpio debe sumarse también al esfuerzo de contar con un agua de descarga a los diversos receptores que cuente con una alta calidad. Los procesos biotecnológicos con hongos combinados con procesos de oxidación avanzada para la purificación de aguas industriales y urbanas contaminadas, son una alternativa a los métodos de cloración. La tecnología desarrollada en el CINVESTAV-IPN muestra que la aplicación de procesos biológicos, que emplea residuos de café y pajas, hace posible el saneamiento de suelos contaminados con hidrocarburos y plaguicidas. Además de que mediante la aplicación de la Biotecnología (aplicando hongos, residuos de café y pajas), combinado con un proceso Nanotecnológico (fotocatálisis con nanocristales de TiO2/UV/O2) a aguas residuales y urbanas, es posible generar un agua que cumple los estándares de alta calidad libre de contaminantes y de patógenos, la cual puede ser usada en riego y en servicios (Proyecto ICYTDF/338/2010).