Creado el 17 de diciembre de 2004, el Centro Universitario de los Lagos con sede en Lagos de Moreno y San Juan de los Lagos (en la zona Altos Norte de Jalisco), es una de las dependencias que componen la Red de la Universidad de Guadalajara.
En 1994, la Universidad de Guadalajara, decidió transformarse en una Red Universitaria con la creación de los seis Centros Universitarios temáticos y cinco regionales, entre estos últimos el de los Altos con tres sedes: Tepatitlán, San Juan de los Lagos y Lagos de Moreno. No obstante, el 29 de marzo del 2003, el Consejo General Universitario dictaminó la creación del Campus Universitario Lagos separando las sedes de San Juan de los Lagos y Lagos de Moreno del Centro Universitario de los Altos. El Campus Universitario de los Lagos, trabajó con esa figura durante un año nueve meses, hasta que en diciembre del 2004, el Consejo General Universitario dictaminó la creación del Centro Universitario de los Lagos.